Геномное разнообразие, внутрипородная структура и аутозиготность коров красной степной породы по данным высокоплотного SNP-генотипирования

Аннотация

Цель исследования заключалась в проведении интегрированной популяционно-геномной характеристики коров красной степной породы на основе высокоплотного SNP-генотипирования (n = 40) с последовательной оценкой качества данных, внутрипородной структуры и аутозиготности, реконструированной по пробегам гомозиготности (ROH). Контроль качества на уровне образцов показал низкую долю пропусков генотипов: среднее значение F_MISS = 0,0009 (0,0000–0,0098), что соответствует среднему callrate 0,9991. Оценки гетерозиготности составили Ho = 0,3767 и He = 0,3664; коэффициент инбридинга на основе гетерозиготности (PLINK) в среднем равнялся F = ?0,0281 (?0,0642–0,0868). По стандартизированной гетерозиготности выявлены образцы-выбросы (A01, A08, A22). Анализ структуры обнаружил внутрипородную неоднородность в пространстве PC1–PC2; согласно сводной оценке качества модели ADMIXTURE при K = 2–6, наименьшее медианное значение метрики наблюдалось при K = 2 (0,608340; N = 20). Анализ ROH выявил выраженную межиндивидуальную вариабельность аутозиготности: суммарная длина ROH (?1 Мб) в среднем составила 14,2505 Мб (медиана 12,9970 Мб; 0,0000–45,5073 Мб), при этом наибольшие значения зарегистрированы у A20, A30 и A23. Карта геномного покрытия ROH (окна 1 Мб) выделила интервалы с повышенным перекрытием ROH; максимальная доля перекрытия достигала 0,275 (11/40). Полученные результаты формируют воспроизводимую исходную основу для геномного мониторинга стада и последующей аннотации выявленных ROH-интервалов.