Identification of effective primers for varieties of winter rye Secale cereals L.

Authors

  • Victoria Andreevna Pechenkina Perm State National Research University
  • Anastasia Ivanovna Vshivkova Perm State National Research University
  • Ilya Alekseevich Tarbeev Perm State National Research University
  • Rimma Ivanovna Vyatkina Perm Agriculture Institute of Russian Academy of Sciences PFIC UrB RAS
  • Konstantin Arturovich Maron Perm Agriculture Institute of Russian Academy of Sciences PFIC UrB RAS

DOI:

https://doi.org/10.28983/asj.y2023i6pp46-50

Keywords:

effective ISSR-PCR primers, intermicrosatellite analysis, markers, winter varieties, Secale cereale L

Abstract

Rye (Secale cereale L.) is important food crop in Russia. The study of the genetic diversity of crops is carried out using molecular markers. To identify effective primers, ISSR (Inter Simple Sequence Repeats), a method for determining DNA polymorphism, was used.The selection of ISSR primers was carried out according to the largest number of polymorphic DNA fragments, their clear amplification and reproducibility in repeated PCR. Of the 22 analyzed ISSR primers with the total DNA of S. cereale, 5 ISSR primers demonstrated high efficiency for the studied 5 winter rye varieties. For further molecular genetic analysis of S. cereale, the following four dinucleotide ISSR primers (M1 (AC)8CG, ISSR-5 (AG)8CA, CR-215 (CT)6TG, CR-218 (GA)6CC) and one trinucleotide ISSR primer X10 (AGC)6C. The identified ISSR primers will make it possible to determine the genetic

Downloads

Download data is not yet available.

References

Боронникова С. В. Молекулярно-генетический анализ и оценка состояния генофондов ресурсных видов растений Пермского края: монография. Пермь, 2013. 239 с.

Гончаренко А. А. Состояние производства и селекция озимой ржи в Российской Федерации // Материалы Всероссийской научно-практической конференции, Екатеринбург, 28–29 июня 2012. Екатеринбург, 2012. С. 5–11.

Календарь Р. Н., Боронникова С. В. Анализ молекулярно-генетического полиморфизма природных популяций редких видов растений Урала с помощью ретротранспозонов // Материалы Четвертого Московского междунар. конгресса. М.: ЗАО «Экспо–биохим–технологии»; Изд-во РХТУ им. Д.И. Менделееева, 2007. Ч. 2. С. 121.

Календарь Р. Н., Боронникова С. В. Анализ молекулярно-генетического полиморфизма природных популяций редких видов растений Урала с помощью ретротранспозонов // Биотехнология: состояние и перспективы развития: материалы IV Московского междунар. конгресса. М., 2007. Т. 2. С. 201.

Корзун В. Н. Разработка и применение геномных технологий для молекулярно-генетического картирования и прикладной селекции зерновых культур: дис. … д-ра биол. наук. СПб., 2021. 281 с.

Оптимизация методики выделения ДНК некоторых хвойных видов растений Пермского края / Ю. С. Нечаева [и др.] // Синтез знаний в естественных науках. Рудник будущего: проекты, технологии, оборудование: материалы Междунар. конф. Пермь, 2011. С. 278–282.

Орловская О. А., Корень Л. В., Хотылёва Л. В. ISSR-анализ образцов озимой тритикале (х TriticosecaleWittmack) различного эколого-географического происхождения // Доклады Национальной академии наук Беларуси. 2012. Т. 56. № 2. С. 78–81.

Сухарева А. С., Кулуев Б. Р. ДНК-маркеры для генетического анализа сортов культурных растений // Биомика. 2018. Т. 10. № 1. С. 069–084.

Сысуев В. А., Кедрова Л. И., Уткина Е. И. Рожь-стратегическая зерновая культура в развитии адаптивного растениеводства и обеспечении продовольственной безопасности России // Образование, наука и производство. 2014. № 2(7). С. 31–33.

Уткина Е. И., Кедрова Л. И. Зимостойкость озимой ржи: проблемы и решения // Аграрная наука Евро-Северо-Востока. 2018. № 1(62). С. 11–18.

Федеральная служба государственной статистики. URL: https://clck.ru/aoJYH (дата обращения: 01.09.2022).

Шакирова А. Р. Подбор эффективных ISSR-праймеров для редких видов растений Pulsatilla flavescens (ZUCC.) JUZ. и Pulsatilla patens (L.) MILL // Симбиоз-Россия 2019: материалы XI Всерос. конгресс молодых ученых-биологов с междунар. участием, Пермь, 13–15 мая 2019 г., Перм. гос. нац. исслед. ун-т. Пермь, 2019. 287 с.

The identification of QTLs associated with the in vitro response of rye (Secale cereale L.) / H. Bolibok et al. // Cellular & Molecular Biology Letters. 2007. Т. 12. No. 4. P. 523–535.

Rogers S. O., Bendich A. J. Extraction of DNA from milligram amounts of fresh, herbarium and mummified plant tissues // Plant Molecular Biology. 1985. Vol. l. No. 19. P. 69–76.

Smolik M. R-ISSR-for fingerprinting, mapping and identification of new genomic loci in rye (Secale cereale L.) // Russian Journal of Genetics. 2013. Т. 49. No. 2. P. 187–195.

Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. Genome Fingerprinting by Simple Sequence Repeat (SSR)-Anchored Polymerase Chain Reaction Amplification // Genomics. 1994. Т. 20. No. 2. P. 176–183.

Downloads

Published

2023-08-13

Issue

No. 6 (2023)

Section

Agronomy

License

Copyright (c) 2023 The Agrarian Scientific Journal

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.